Das IQWiG wurde am 1. Juni 2004 nach dem Vorbild des National Institute for Health and Clinical Excellence (NICE) in Großbritannien gegründet. Es gehört zur Stiftung für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen, die vom Gemeinsamen Bundesausschuss (GBA) gegründet wurde. Auftraggeber sind der GBA und das Bundesministerium für Gesundheit. Finanziert wird das IQWiG aus Mitteln der gesetzlichen Krankenversicherungen. Es gliedert sich in acht Abteilungen: Arzneimittelbewertung, Medizinische Biometrie, Versorgungsqualität, Nichtmedikamentöse Verfahren, Kommunikation, Verwaltung, Gesundheitsökonomie und Gesundheitsinformation.
Das IQWIG untersucht als unabhängiges wissenschaftliches Institut den Nutzen medizinischer Leistungen sowie deren Qualität und Wirtschaftlichkeit. Darunter fallen unter anderem die Bewertung von Behandlungsleitlinien, von Operations- und Diagnoseverfahren sowie Arzneimitteln. Zudem analysiert das IQWiG therapie- und patientenrelevante Zusatznutzen von Arzneimitteln auf ihre Mehrkosten hin. Die Bewertungen dienen dem GBA als wissenschaftliche Grundlage von Beschlussfassungen. Außerdem erarbeitet das Institut auf der Basis der evidenzbasierten Medizin Grundlagen für Disease-Management-Programme. Die Berichte des Instituts sind so verfasst, dass auch Laien sie verstehen und als Informationsgrundlage nutzen können.